Proses pembelajaran nilai yang dibangun dalam pendidikan pesantren ini begitu dahsyat karena tumbuh bersama jatuh bangunnya bangsa ini, dan mendarah daging sebagai metodologi berfikir (manhajul fikri) kaum santri, yang terus mewarnai kiprah mereka di mana pun mereka berada dan sampai kapan pun. Ideologisasi dan ketangguhan yang demikian intens dibangun inilah yang menjadi keunggulan pesantren. Bahkan Martin Van Bruinessen menyebut tradisi pendidikan pesantren dengan sebutan tradisi agung (great tradition), karena kedudukannya sebagai transmitter kitab-kitab dan ajaran klasik kepada umat Islam dari generasi ke generasi.
Genealogi Keilmuan
Yang seringkali menjadi pertanyaan kemudian adalah dari mana asal sistem pendidikan pesantren? Puluhan –Bahkan mungkin ratusan— peneliti, baik orientalis barat maupun timur dan lokal, mendatangi pesantren untuk mencari jawabannya. Kalangan sendiri tidak banyak yang mampu menjawab secara tepat dan terperinci mengenai jalur pewarisan sistem pendidikan dan keilmuannya.
Banyak versi yang dikemukakan para peneliti dan penulis kepesantrenan, tentang asal muasal bentuk pendidikan ala pesantren. H.J. De Graaf dan Th.G. Pegeaud, misalnya, menduga pesantren merupakan islamisasi dari dua bentuk pendidikan kuno di Jawa, yakni Mandala dan Ashram. Belakangan pendapatan yang sama juga dikemukakan Ahmad Baso, penulis serial Pesantren Studies yang mendasarkan pendapatnya pada Kitab Tantu Panggelaran.
Ada juga pendapat orientalis lain seperti F. Fokken dan B.J.O. Schrieke yang menduga pesantren berasal dari desa-desa perdikan yang oleh raja dibebaskan dari pajak dengan kompensasi tugas mandat tertentu seperti menjaga makam keramat atau mengajarkan agama. Namun pendapat terakhir diragukan oleh Martin mengingat dari 211 desa perdikan di Jawa pada abad 19, hanya ada empat desa yang di dalamnya terdapat pesantren yang dihidupi oleh penghasilan desa. Sementara sebagian besar pesantren lainnya tidak terkait dengan status desa perdikan tersebut.
Para peneliti barat menduga lembaga pesantren seperti yang ada di abad 19-20 belum ada di awal-awal masuknya islam di Nusantara, Bahkan hingga abad ke-17 di Jawa dan abad 18 di Kalimantan dan Sulawesi. Pesantren pertama yang paling lengkap perangkat, besar dan representatif yang tercatat oleh orientalis adalah Pesantren Tegalsari, Ponorogo, Jawa Timur. Pesantren inilah yang diyakini menelurkan alumni yang kemudian menduplikasi sistem pesantren Tegalsari di berbagai tempat, baik daerah asalnya maupun daerah lain tempat mereka berhijrah mendakwahkan agama.
Mungkin yang dimaksud oleh para peneliti barat tersebut adalah pesantren dalam bentuk dan perangkat pengajaran yang komplit dengan standar minimal Pesantren Tegalsari Ponorogo, Jawa Timur di abad 18-19. Sebab Agus Sunyoto dalam Atlas Walisongo-nya sudah menyebut-nyebut Pesantren Syaikh Quro’ di Karawang yang hidup di abad 14 dan Pesantren Syaikh Datuk (Datul) Kahfi di sekitar Gunung Jati dan Gunung Sembung Cirebon pada awal abad 15, yang di antara santrinya antara lain Pangeran Walangsungsang dan Dewi Lara Santang, putri Prabu Siliwangi dari Putri Subanglarang (santri Syaikh Quro’).
